几年前，人类在南极用超级战舰“炸弹天空”(Bomb Sky)打败了哥斯拉，并将哥斯拉密封在地下。然而，除了哥斯拉，地球上还有许多怪物，虎视眈眈着所有主要的人类城市。结果，人类成立了“地球防御部”(Earth Defense Department)，来对付各种怪物的入侵。地球国防部最强大的成员是“炸弹天空”，它封住了哥斯拉和它的队长道格拉斯·戈登上校此外，为了应对怪物给人类带来的问题，地球国防部特别挑选了具有特殊能力的人类。这些“超人”拥有普通人没有的“m染色体”,因此这些人比普通人有更强的身体能力和敏捷性来对付怪物的攻击。其中，最杰出的是“岩崎少尉”。不久前，人们挖出了一个巨大怪物的遗骸，这个怪物具有机械和生物学的性质。人们怀疑能将生物和机械结合起来的怪物应该来自外太空。不久之后，大西正树收到了小岛上“小美人”的警告。那个时候，这个怪物被“魔斯拉”封为“盖刚”。盖刚的出现代表着一场人类危机。它在盖刚出土后不久，世界各地突然同时遭到各种怪物的袭击，导致地球国防部一度不堪重负。但是神秘飞机的突然出现带走了所有这些怪物。这些自称为“X星”人的外星人宣称他们是人类的朋友，希望与人类建立联盟。他们甚至声称一颗巨大的行星即将撞击地球。然而，在岩崎masih iwasaki和道格拉斯等人的调查中，发现没有神秘的行星撞击地球。那些怪物被外星人入侵地球释放了。X星人想用人类作为食物。虽然外星人的真实面目被揭露了，但外星人拥有不可思议的超能力和巨大的怪物在他的指挥之下。地球防御力量最终被消灭，只剩下天上的炸弹还活着。此时，道格拉斯想出了一个大胆的计划，就是解开南极哥斯拉的封印，让代表地球上最强大的怪物哥斯拉，来面对这些外星入侵者。
